K-Dense-AI/omero-integration

使用 omero-py、BlitzGateway、OMERO CLI、tables、annotations、ROIs、rendering 以及文档化的 OMERO.web API，安全地检视并自动化针对 OMERO.server 的显微数据工作流。用于限定范围的 OMERO 清单、元数据导出、导入/导出规划，或经过审阅的写入工作流。

流程自动化开发 Agent Agent 技能自动化显微图像管理 OMERO集成元数据导出显微镜数据自动化生物影像处理

技术栈: cursor3.4万+许可证: MIT开发者: K-Dense-AI

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原文译文

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OMERO Integration

使用当前 OME 文档以及最小且明确的数据范围。OMERO 数据可能包含尚未发表的图像、标识符、注释、原始文件以及衍生测量数据。

Verified Baseline

本技能于 2026-07-23 刷新：

OMERO.server 5.6.18（2026 年 5 月）是当前文档化的稳定服务器版本。
OME 使用 OMERO.py/omero-py 5.22.1 和 OMERO.web 5.31.0 对其进行了测试。
omero-py==5.22.1 要求 Python 3.10 或更高版本。OMERO 支持矩阵支持 3.10 和 3.11，推荐 3.12，并仍将 3.13/3.14 标记为 “upcoming”。
OMERO 5.6 使用 IcePy 3.6，3.6.5 预构建客户端 wheel 已文档化覆盖至 Python 3.12。

上述固定版本是一个可复现的技能快照，并不保证每个 OMERO.server 版本都接受该客户端。如需用于其他服务器版本，请查阅其发行说明并使用与之配套测试的 OMERO.py 版本。参见 references/sources.md。

Operating Contract

从本地验证或试运行（dry run）开始。在用户选定主机、组、对象类型、ID 和结果限制之前，不要建立连接。
凭证仅从前述 frontmatter 中具名的 OMERO_* 变量中读取。不得搜索父目录或加载 .env 文件。
不得将密码或会话密钥放入命令参数、源代码、输出 JSON、日志、回溯信息或聊天中。会话密钥是一种持有型凭证（bearer credential）。
默认使用 secure=True。OMERO 默认会对登录进行加密，但登录后的数据和会话 ID 在其他情况下可能以明文传输。secure=True 本身并不保证证书主机名校验。
为每一次列表、分页、ROI、形状、注释、表格行、像素平面以及本地文件扫描设定上限。未经明确批准，不得将单个对象的请求扩大为全组或跨组的导出。
将所有写入操作单独对待：注释/链接创建、渲染默认保存、图像创建、导入、脚本上传、表格写入、所有权或组变更以及删除等操作，都需要一个精确的、经过审阅的目标。
在 finally 块或文档化的上下文管理器模式中关闭 BlitzGateway、表格句柄、原始存储、缩略图存储、渲染引擎、脚本客户端以及其他有状态服务。
不得仅仅为了“测试”示例而连接真实服务器。