gget
gget CLI または Python パッケージを使用してゲノム参照データベースにわたるクイックバイオインフォマティクス検索が必要なタスクにこのスキルを使用します。
使用するタイミング
- Ensembl ID、遺伝子メタデータ、転写産物の詳細、または配列の検索。
- フルローカルパイプラインを構築せずにクイックな BLAST または BLAT 検索を実行。
- Ensembl から参照ゲノムリンクとアノテーションを取得。
- 単一のインターフェースを通してタンパク質構造、パスウェイ、がん、発現、または疾患関連モジュールを照会。
- Biopython、Snakemake、Nextflow、BLAST+、またはデータベース固有のクライアントなどの重いツールに移行する前に再現可能な最初の証拠ログを作成。
タスクが規制対象の臨床解釈、高スループット本番パイプライン、またはデータベースバージョンとローカルインデックスの細かい制御を必要とする場合は、gget の代わりに専用のワークフローを使用します。
インストール
クリーンな Python 環境を使用します。
python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install --upgrade gget
gget --help
uv が利用可能な場合:
uv venv
. .venv/bin/activate
uv pip install gget
古い環境を使用する前に、gget をアップグレードしてモジュールドキュメントを再確認します。gget が照会するアップストリームデータベースは時間とともに変化します。
基本パターン
CLI の形式:
gget <module> [arguments] [options]
Python の形式:
import gget
result = gget.search(["BRCA1"], species="human")
print(result)
一般的なワークフロー:
- 必要な種、アセンブリ、遺伝子 ID タイプ、データベースを特定する。
- 引数に関する現在のモジュールドキュメントを確認する。
- まず小さなクエリを実行する。
- 明示的なファイル名と日付で出力を保存する。
- モジュール名、バージョン、引数、データベースの前提条件を記録する。
主要なモジュール
正確な引数については現在のアップストリームドキュメントを使用してくださ…
