deepspot-m
编程协作 · 空间转录组预测 · 病理图像分析 · 基因表达推断 · 全玻片预测 · 深度学习推理
使用 DeepSpot-M 从 H&E 病理图像生成全转录组的虚拟空间转录组数据。当你需要在约 20x 放大下以 224x224 图块获得 log1p-CPM …
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编程协作 · 量子电路构建 · 量子线路模拟 · IBM 量子运行 · 线路转译优化 · 含噪模拟支持
使用 Qiskit 和 IBM Quantum Runtime 构建、模拟、转译并执行量子电路。适用于 Qiskit 2.x 电路与算符、V2 Sampler …
4.2万+
genomic-coordinates
编程协作 · 基因组坐标转换 · BED 与 GFF 格式互转 · VCF 变异标准化 · 基因组组装校验 · 0 与 1 基坐标互转 · 区间一致性比对
在坐标系约定之间转换基因组区间，对变异表示进行归一化和比较，并在装配体或重叠群命名不匹配破坏分析之前发现它们。每当坐标跨越格式、工具或装配体边界时使用——在 B…
4.5万+
pymatgen
编程协作 · skill · agent-skill · pymatgen · K-Dense-AI · scientific-agent-ski · ai-agent
使用当前 pymatgen API 分析、验证、转换与处理材料结构及计算材料数据，包括局域相图、对称性敏感度、电子结构 I/O，以及显式受限的 Material…
3.4万+
etetoolkit
编程协作 · 系统发育树分析 · 进化树可视化 · 树状拓扑编辑 · NCBI 分类集成 · 生物信息学研究 · 进化事件推断
使用 ETE 4 对系统发育或其他层级树进行分析、操作、比较、注释与可视化。可用于 Newick/Nexus 树的读写、拓扑编辑与模式匹配、Robinson-F…
4.4万+
genomic-intelligence
编程协作 · DNA 序列预测 · 基因调控分析 · 表达量预测 · 深度学习模型 · 远程推理接口
使用 Genomic Intelligence 托管的 transformer DNA 语言模型，直接从 DNA 序列预测调控特征、基因结构和表达——无需本地 …
3.4万+
hugging-science
编程协作 · 科学研究资源检索 · 科研数据集发现 · 机器学习模型应用 · 科研推理接口调用 · 方法论引用
当用户在生物学、化学、物理、天文学、气候、基因组学、材料科学、医学、生态学、能源、工程、数学、药物发现、蛋白质设计、天气预报、定理证明、单细胞或偏微分方程求解等…
3.4万+
lamindb
编程协作 · LaminDB 数据管理 · 生物数据湖仓 · 数据谱系追踪 · 本体注释 · 数据验证
用于处理 LaminDB（面向生物数据集与模型的开源、具备谱系追踪能力的湖仓），涵盖安装配置、工件注册、查询/检索、谱系追踪、验证、基于本体的 Bionty 标…
3.4万+
pptx
编程协作 · PPTX 文件解析 · 演示文稿生成 · 幻灯片模板编辑 · 演讲备注提取 · PPT 内容摘要
任何时候只要涉及 .pptx 或 .potx 文件——无论是作为输入、输出还是两者兼有——都应使用本技能。具体包括：创建幻灯片组、推介稿或演示文稿；读取、解析或…
4.2万+
umap-learn
编程协作 · 非线性降维 · 嵌入向量生成 · 聚类数据预处理 · 二维三维可视化 · 特征降维处理
使用 UMAP-learn 进行非线性降维、2D/3D 嵌入、聚类预处理、有监督或半监督 UMAP、DensMAP、AlignedUMAP 以及参数化 UMAP…
3.4万+
depmap
编程协作 · 癌症依赖图谱查询 · 基因依赖评分检索 · 药物敏感性分析 · 肿瘤靶点验证 · 合成致死筛选
查询癌症依赖性图谱（DepMap）以获取癌症细胞系基因依赖性评分（CRISPR Chronos）、药物敏感性数据以及基因效应谱。用于识别癌症特异性脆弱性、合成致…
4.5万+
anndata
编程协作 · skill · agent-skill · anndata · K-Dense-AI · scientific-agent-ski · ai-agent
Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working
4.5万+
statistical-analysis
编程协作 · 统计检验选择 · 假设检验辅助 · 效应量与样本量 · 贝叶斯统计方法 · APA格式报告
为研究数据提供引导式统计分析——检验选择、假设检验、效应量、功效分析、贝叶斯替代方法以及 APA 格式报告。无论用户是否明确提及某个具体检验，每当用户希望比较组…
3.4万+
lab-hardware-cad
编程协作 · 实验器材建模 · 参数化 CAD 设计 · STEP 文件导出 · 微流控芯片设计 · 光机夹具设计
将定制实验室硬件设计为参数化的 build123d 模型，并导出可直接用于制造的 STEP、STL 和 DXF 文件——涵盖微流控芯片与模具、光学机械支架与面包…
3.4万+
open-notebook
流程自动化 · 文档检索问答 · AI 笔记摘要 · 研究笔记本 · 多源内容摄入 · 多人播客生成 · 自托管数据隐私
Self-hosted, open-source alternative to Google NotebookLM for AI-powered researc…
3.4万+
paperzilla
流程自动化 · 学术论文推荐 · 论文摘要生成 · 文献项目查询 · Paperzilla 推荐检索 · 订阅源导出
与你的智能体讨论 Paperzilla 中的项目、推荐和权威论文。用于用户请求最近的论文推荐、权威论文详情、基于 markdown 的摘要、推荐反馈、信息源导出…
3.4万+
xlsx
编程协作 · Excel 表格创建 · 电子表格编辑 · 公式格式应用 · 财务模型构建 · 多工作表管理
创建、编辑、分析或转换 Excel 电子表格（.xlsx、.xlsm、.xltx），以工作簿文件作为主要交付物。适用于公式、格式化、财务模型、多表工作簿，以及导…
3.4万+
uncertainty-and-units
编程协作 · 物理单位换算 · 测量不确定度 · 误差传播分析 · 量纲一致性检查 · 蒙特卡洛估算
使用 pint 与 uncertainties 在科学计算中追踪物理量单位并传播测量不确定度。适用于单位换算与量纲检查、GUM 不确定度预算、A 类与 B 类评…
3.4万+
pufferlib
编程协作 · 强化学习环境 · 训练策略配置 · 并行向量化 · 检查点审查 · 版本兼容指导 · 评估流水线
版本感知的 PufferLib 强化学习环境、向量化、策略、PuffeRL 训练、评估与安全 checkpoint 审查指南。用于将 Gymnasium/Pet…
3.4万+
tamarind
编程协作 · 分子设计工具 · 结构生物学计算 · 蛋白质结构预测 · 蛋白从头设计 · 云端生信平台
通过 REST API 或 MCP 服务器访问 Tamarind Bio 平台上的一系列开源分子设计与结构生物学工具——无需本地 GPU。Tamarind 整合…
3.4万+
ontology-term-resolution
编程协作 · 本体术语解析 · 本体标识符校验 · 生物医学本体查询 · 元数据注释转换 · 受控词汇表映射 · OLS4 在线检索
将自由文本形式的科学标签解析为本体术语 ID，并对照 EBI Ontology Lookup Service (OLS4) 校验已有的 CURIE。每当需要生成…
3.4万+
scientific-critical-thinking
编程协作 · 证据质量评估 · 实验设计审查 · 偏倚识别分析 · 循证医学评级 · 批判性思维教学
评估科学主张和证据质量。用于评估实验设计的有效性、识别偏倚和混杂因素、应用证据分级框架（GRADE、Cochrane 偏倚风险），或教授批判性分析。最适合理解证…
3.4万+
simpy
编程协作 · 离散事件仿真 · SimPy 流程建模 · 仿真资源调度 · 模型复现性分析 · 仿真测试与调试 · 事件驱动建模
使用 SimPy 构建、检查、测试和分析有界的过程式离散事件仿真，包括事件、资源、中断、监控、独立重复运行、预热以及可复现的输出分析。
3.4万+
scvi-tools
编程协作 · 单细胞组学分析 · 深度生成模型 · 批次效应校正 · 多模态数据整合 · 变分推断建模
用于单细胞组学的深度生成模型。在需要进行概率性批次校正（scVI）、迁移学习、带不确定性的差异表达分析或多模态整合（TOTALVI、MultiVI）时使用。最适…
3.4万+
treatment-plans
编程协作 · 治疗方案文档 · 结构化校验 · 临床记录追溯 · 交接文档管理 · 决策留痕追溯
在临床决策已由获授权的持证专业人员提供并核实后，对本地治疗计划文档进行格式化和结构验证。适用于来源可追溯性、临床专业人员撰写的干预记录、目标和检查点、共享决策记…
3.4万+
protocolsio-integration
设计多媒体 · 协议数据读取 · 协议安全导出 · REST 接口校验 · protocols.io 集成 · 突变操作规划
读取、校验并安全导出 protocols.io 数据，遵循当前官方 REST/MCP 契约，或生成非执行的变更计划。捆绑的客户端仅向官方主机发起有界的 GET …
3.4万+
fluidsim
编程协作 · 流体仿真规划 · 求解器选型 · 参数审核 · MPI 并行配置 · 模拟诊断分析 · 重启兼容性检查
规划、配置、检查、重启并分析有界的 FluidSim 计算流体动力学仿真，附带显式的数值有效性与 HPC 安全检查。用于 FluidSim 求解器选型、参数评审…
3.4万+
qutip
编程协作 · 量子系统模拟 · 量子动力学 · 谱分析 · 相空间分析 · 量子态演化 · 开放系统仿真
使用 QuTiP 5 模拟并审计封闭与开放量子系统模型，包括确定性、轨迹、稳态、谱与相空间工作流。用于本地的量子动力学工作，其中物理假设、维度与数值收敛必须明确…
3.4万+
scientific-slides
研究分析 · 科研幻灯片 · 学术汇报制作 · PPT演示文稿 · Beamer演示 · 答辩幻灯片
为研究演讲构建幻灯片组与演示文稿。可用于制作 PowerPoint 幻灯片、会议演示、研讨会演讲、研究报告、学位论文答辩幻灯片，以及任何科学演讲。提供幻灯片结构…
3.4万+
labarchive-integration
编程协作 · LabArchives 电子实验记录 · 签名 API 请求 · 库存接口集成 · UID 授权流程 · 科研实验记录管理
与官方 LabArchives ELN 类 REST API 以及 Inventory API v1 进行安全集成。适用于区域端点选择、签名请求构造、用户授权与…
4.5万+
scikit-bio
编程协作 · 微生物组分析 · 序列比对工具 · 多样性指标计算 · 排序与统计检验 · 生物数据处理 · 系统发育可视化
生物数据工具包。序列分析、多序列比对、系统发育树、多样性指标（alpha/beta、UniFrac）、排序方法（PCoA）、PERMANOVA、FASTA/Ne…
3.4万+
scholar-evaluation
流程自动化 · 学术成果评审 · 证据链审查 · 研究质量评估 · 同行评议辅助 · 学术稿件反馈
提供以定性为主、证据可追溯的学术成果发展性评审，并可在本地质量控制条件下审计低风险研究评估量表。切勿用于人员排名或重大决策。
3.4万+
pacsomatic
编程协作 · 肿瘤基因组流程 · Nextflow 流水线 · BAM 文件处理 · 测序数据调度 · 科研流程运行
面向 nf-core/pacsomatic 配对肿瘤-正常流程（BAM 输入）的运维工具包。当用户需要校验运行输入、生成符合 pacsomatic 规范的样本表…
3.4万+
scientific-brainstorming
编程协作 · 科研头脑风暴 · 研究方向评估 · 证据驱动讨论 · 假设与论证分析 · 学术创意生成
促进具备证据意识的科学构思，包含独立生成、结构化讨论、明确假设、透明评估、对抗性审查与决策日志。适用于早期研究头脑风暴或候选方向排序；将经验性验证、研究设计、伦…
3.4万+
peer-review
编程协作 · 学术同行评审 · 稿件证据核查 · 统计方法评审 · 报告规范选择 · 修订回复规划
准备有证据约束的、建设性的同行评审草案以及结构化的手稿评估意见。用于对科学手稿、研究方案、预印本或研究项目申请书进行经授权的评审；报告指南的选择；声称–证据核对…
3.4万+
ncats-arax
编程协作 · 生物医学知识图谱 · NCATS ARAX 查询 · TRAPI 边绑定 · 知识图谱遍历 · 实体关联检索 · 生物数据集成
查询 NCATS Translator ARAX 生产 API，以获取有界、类型明确且来源信息丰富的一跳和固定端点的两跳生物医学知识图谱关系。适用于 Bioli…
3.4万+
scientific-writing
编程协作 · 学术稿件撰写 · 论文校对审查 · 引文与参考文献 · 报告规范遵循 · 证据溯源写作
起草、修订和审核科学手稿或报告，具备明确的证据溯源、报告指南覆盖、作者问责制、保密控制以及本地一致性检查。适用于在科学准确性和可追溯性至关重要的手稿章节、参考文…
3.4万+
venue-templates
编程协作 · 学术投稿模板 · LaTeX 排版脚手架 · 会议海报排版 · 资助申请书模板 · 期刊格式检索
使用特定于会议期刊的格式指引与捆绑的 LaTeX 脚手架来准备期刊稿件、会议论文、研究海报以及基金申请文档。适用于选择官方模板、核对当前页数或匿名规则、根据会议…
3.4万+
bids
编程协作 · 神经影像数据组织 · BIDS 标准合规校验 · DICOM 转 BIDS 转换 · 元数据侧车文件编写 · 数据集结构查询 · 神经科学数据标准化
在处理 Brain Imaging Data Structure（BIDS）数据集时使用此技能：组织神经科学与生物医学数据（MRI、EEG、MEG、iEEG、P…
3.4万+
infographics
编程协作 · 信息图自动生成 · AI 视觉设计 · 科研数据可视化 · 迭代质量优化 · 配色无障碍支持 · 行业模板定制
使用 Nano Banana Pro AI 创建专业的信息图，并通过智能迭代优化。利用 Gemini 3.6 Flash 进行质量审查。集成研究查询和网络搜索以…
3.4万+
molecular-dynamics
编程协作 · OpenMM 分子模拟 · 轨迹结构分析 · 蛋白质体系构建 · 结合自由能计算 · 生物体系动力学
使用 OpenMM 与 MDAnalysis 运行和分析分子动力学模拟。可搭建蛋白/小分子体系、定义力场、执行能量最小化与成品 MD 计算，并对轨迹进行分析（R…
3.4万+
statsmodels
编程协作 · 统计建模分析 · Python 回归模型 · 时间序列建模 · 计量经济回归 · 模型诊断推理
Python 的统计建模库。当需要使用具有详细诊断、残差和推断的特定模型类（OLS、GLM、混合模型、ARIMA）时使用。最适合计量经济学、时间序列分析以及带有…
3.4万+
glycoengineering
编程协作 · 蛋白质糖基化分析 · 糖蛋白工程设计 · N糖基化位点预测 · O糖基化热点识别 · 治疗性抗体优化 · 疫苗糖基化设计
分析与工程改造蛋白质糖基化。扫描序列中的 N-糖基化序列子 (N-X-S/T)，预测 O-糖基化热点，并访问精选的糖工程改造工具 (NetOGlyc、Glyco…
4.3万+
torchdrug
编程协作 · 分子图建模 · 分子属性预测 · 自监督预训练 · 逆合成分析 · 蛋白质表示学习 · 知识图谱推理
构建并排查 TorchDrug 0.2.1 的工作流，覆盖分子图、性质预测、自监督预训练、分子生成、 retrosynthesis、蛋白质表示学习以及知识图谱推…
3.4万+
relsa-severity-assessment
编程协作 · 实验动物福利评估 · RELSA 严重度评分 · 人道终点预测 · 多指标时间序列分析 · 生物医学研究辅助
使用 RELSA（RELative Severity Assessment，相对严重程度评估）评分与基于 ARIMA 的 foRcast 预测方法，对实验动物研…
3.4万+
omero-integration
流程自动化 · 显微图像管理 · OMERO集成 · 元数据导出 · 显微镜数据自动化 · 生物影像处理
使用 omero-py、BlitzGateway、OMERO CLI、tables、annotations、ROIs、rendering 以及文档化的 OMER…
3.4万+
analytical-method-validation
编程协作 · 分析方法验证 · ICH指南合规 · HPLC方法确认 · LC-MS验证方案 · 方法转移与放行 · USP通则符合性
Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical
4.5万+
